Analysemethode:
De Xpert Xpress SARS-CoV-2-test is een geautomatiseerde test voor in-vitrodiagnostiek voor detectie van nucleïnezuren van SARS-CoV-2, meer bepaald van het E-gen, het rdrp-gen en het N2-gen. De Xpert Xpress SARS-CoV-2-test wordt uitgevoerd op de GeneXpert-instrumentensystemen. De systemen vereisen het gebruik van disposable patronen voor eenmalig gebruik die de RT-PCR-reagentia bevatten en waarin het RT-PCR-proces plaatsvindt. Omdat de patronen op zichzelf staan, is kruisbesmetting tussen monsters tot een minimum beperkt.
Interferentie:
Het nieuwe coronavirus (SARS-CoV-2) is genetisch het meest verwant aan het SARS-1-coronavirus, dat echter nooit in België gedetecteerd werd.Specificiteit optimaal volgens uitgebreide bijsluiter van Cepheid, geen interferentie te verwachten met alternatieve respiratoire pathogenen.
Interpretatie:
Het nieuwe humane coronavirus, severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV-2), behoort tot het species of Severe Acute Respiratory Syndrome related Coronavirus, genus beta-coronavirus, subgenus Sarbecovirussen, lineage B (Zhou 2019). Coronavirussen veroorzaken respiratoire infecties, soms met een enterale component, bij mensen en dieren. Het nieuwe coronavirus (SARS-CoV-2) is genetisch het meest verwant aan het SARS-coronavirus. Het maakt net als SARS gebruik van de ACE2-receptor. Deze komt onder andere op het alveolair epitheel voor, wat gezien wordt als de verklaring voor de predilectie van SARS voor replicatie in de lage luchtwegen (Haagmans 2020). Incubatieperiode nogal variabel: 2-14d, gemiddeld 5,9d. Exacte gegevens over de besmettelijke periode ontbreken. Een patiënt is in ieder geval besmettelijk tijdens de symptomatische fase (Huang 2020). Zowel patiënten met milde als met ernstige klachten evenals asymptomatische personen kunnen virus uitscheiden (Zhang 2020). Ook in faeces van de patiënt is het virus met PCR aantoonbaar vanaf dag 5 à 7 na onset van infectie (WHO 2020, ECDC 2020). Na het verdwijnen van de klachten kan het virus met PCR nog aantoonbaar blijven in zowel de bovenste luchtwegen (7-14 dagen) als faeces (4-5 weken). De geclaimde LoD voor de assay is 0,0100 PFU/ml [plaquevormende eenheid].