Panfungale identificatie via ITS nanopore sequenering
Loinc:
105012-9
Frequentie:
1x/week
Uitvoerend labo:
AZ Sint Jan
TAT:
maximum 9 dagen
24u/24u:
NVT
Verantwoordelijke bioloog:
dr. Marijke Reynders
Afname van het materiaal
Afname:
Microbiologische monsters (na telefonisch overleg met medisch microbioloog of infectioloog).
Toegelaten materiaal:
Alle microbiologische recipiënten worden aanvaard indien klinisch aangewezen, inclusief hemoculturen.
Volume:
1 mL lichaamsvocht (of gemixt bioptje, in steriel recipiënt)
Criteria voor aanvaarding of bijaanvraag
Acceptatie:
Correct en onbeschadigd recipiënt met duidelijke identificatiegegevens.
Bijaanvraag:
Indien het monster een correcte pre-analytische fase doorliep en veilig bewaard zit (zie bewaarcondities), is dit toegelaten.
Analyse
Analysemethode:
De methode bestaat uit PCR amplificatie van een regio in het fungale ribsomale operon die zich uitstrekt over de volledige ITS-1, 5.8S en ITS-2 regio, tot en met de D1 en D2 regio van het 28S operon. Na PCR volgt long-read sequencing met een Nanopore MinION sequencer. De gegenereerde sequenties worden vervolgens vergeleken met referentiedatabanken om de fungi die aanwezig zijn in het monster te identificeren.
Deelname EKE:
UKNEQAS en SKML
Interferentie:
De test is gevalideerd voor een (niet-limiterende ) lijst van potentieel pathogene fungale species.Identifiatie van andere species is niet gegarandeerd, dus een negatief resultaat sluit de aanwezigheid van bepaald fungi niet uit.
Interpretatie:
Het taxonomisch niveau van identificatie is afhankelijk van de variabiliteit van de ITS regio binnen het desbetreffend taxon. Een negatief sequencing resultaat sluit de aanwezigheid van bepaalde fungi niet uit.
Tarificatie
Nomenclatuur:
557071 - 557082 B 1000 Opsporen van infectieuze agentia in het bloed via moleculaire amplificatie bij allogene stamceltransplantatie patiënten # (Cumulregel 114) Bron: RIZIV website op 01/04/2025