Het GeneXpert Instrument automatiseert en integreert staalpurificatie, nucleïnezuur amplificatie, en detectie van de virale targetsequentie d.m.v. RT-PCR die gebruik maakt van fluorescentie om het beoogde HCV RNA te detecteren. Het systeem maakt gebruik van wegwerpcartridges voor éénmalig gebruik die de RT-PCR reagentia bevatten en waarin de RT-PCR reactie plaatsvindt. Omdat de cartridges self-contained zijn, is kruiscontaminatie tussen stalen quasi uitgesloten. De HCV VL Assay omvat reagentia voor de detectie van het HCV RNA in stalen, bevat ook twee interne controles die gebruik worden voor de kwantificatie van het HCV RNA. De interne controles monitoren recovery en de aanwezigheid van inhibitor(en) in de RT en PCR reacties.The Probe Check Control (PCC) controleert reagens rehydratatie, PCR tube filling in de cartridge, probe integriteit, en dye stabiliteit.

Opgelet: deze HCV VL assay detecteert en kwantificeert de HCV genotypes 1-6 over een breed meetbereik, maar indien patiënt geïnfecteerd is met een ander genotype hebben we geen 100% zekerheid omtrent detectie en/of exacte kwantificatie van het virus. Bij klinisch vermoeden over bv infectie met HCV GT7, gelieve ons te verwittigen op 2603. Meerdere vries-dooi cycli moeten vermeden worden. Ontdooi bevroren monsters bij 15-30°C of bij 2-8°C. Eens ontdooid, en indien de monsters niet onmiddellijk verwerkt worden moeten deze bewaard worden bij 2-8°C voor maximaal 6 uur. Ontdooide monsters worden steeds voor de verdere verwerking 5 minuten gecentrifugeerd bij 2000xg.

(1) Negatief: HCV RNA werd niet gedetecteerd (Cepheid methode: quantificatielimiet 10 IU/ml).
(2) Positief: HCV RNA werd getedecteerd, aantal IU/ml wordt weergegeven.
(3) Laag positief: HCV RNA werd gedetecteerd, echter minder dan 10 IU/ml. (4) Sterk positief: Viral load kan niet exact gekwantificeerd worden, viral load groter dan 10e8 IU/ml. Het hepatitis C virus is een geënveloppeerd RNA virus met een diameter van ca. 50 nm, geklasseerd als een apart genus (Hepacivirus) binnen de familie Flaviviridae. De organisatie van het viraal genoom en sequentie van HCV is vergelijkbaar met deze van de pestivirussen en de flaviviruses. HCV heeft een humaan reservoir, maar het virus werd reeds experimenteel overgebracht in chimpansees. Het HCV genoom is erg muteerbaar. Gezien HCV een RNA virus is en efficiënte proofreading capaciteit mist tijdens replicatie, evolueren de virions die mensen infecteren in de loop van de tijd, en dit leidt tot het feit dat HCV persisteert als een verzameling van virus quasispecies. Tengevolge van constante mutatie, zou HCV in staat kunnen worden te ontsnappen aan de immunologische detectie en eliminatie door gastheer. HCV ondergaat snelle mutatie in een hypervariabele regio van het genoom dat codeert voor de enveloppe proteïnes en ontsnapt zo aan de immuunsurveillance door de gastheer. Bijgevolg ontwikkelt de meerderheid van HCV-geïnfecteerde personen chronische infectie. HCV legt eveneens de aangeboren niet-specifieke immuniteit lam.