De methode bestaat uit PCR amplificatie van het volledige bacteriële 16S gen op een DNA extract, gevolgd door long-read sequencing met een Nanopore MinION sequencer. De gegenereerde 16S sequenties worden vervolgens geanalyseerd met behulp van gespecialiseerde data-analyse software om de bacteriën die aanwezig zijn in het monster te identificeren.

Het taxonomisch niveau van identificatie is afhankelijk van de variabiliteit van het 16S gen binnen het desbetreffend taxon. Rapportering op species niveau steeds onder voorbehoud, waarbij het meest waarschijnlijke species wordt gerapporteerd. Omwille van onvolledige primer complementariteit is deze test niet geschikt voor het opsporen van bacteriën binnen de orde Chlamydiales, en is er mogelijk verminderde gevoeligheid voor het genus Borrelia. Hiervoor kunnen echter wel gerichte PCR's worden gebruikt, tel 2603 bij hoge klinische verdenking.
Een negatief sequencing resultaat sluit de aanwezigheid van bepaalde bacteriën niet uit. De test dient steeds te worden uitgevoerd in aanvulling op andere bacteriologische testen zoals kweek en specifieke PCR testen als agnostische screening voor een breed gamma aan bacteriële infecties. Resultaten worden steeds geïnterpreteerd door een medisch microbioloog op basis van het monstertype en de klinische context.
Ref: Vanhee et al., Implementation of full-length 16S nanopore sequencing for bacterial identification in a clinical diagnostic setting. Diagn Microbiol Infect Dis. 2024 Feb;108(2):116156. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2023.116156.

557071 - 557082 B 1000 Opsporen van infectieuze agentia in het bloed via moleculaire amplificatie bij allogene stamceltransplantatie patiënten # (Cumulregel 114)
Bron: RIZIV website op 04/10/2026